基因结构注释软件PASA安装踩坑记录
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PASA简介

PASA(Program to Assemble Spliced Alignments)是一个真核基因组注释工具,其能够利用转录本序列的剪接比对自动生成基因结构注释,并尽量保持与实验数据的一致性。PASA还能够识别几乎所有的可变剪接。其他详细介绍见PASA GitHub.

安装及参数说明

详细的安装过程和参数说明不再赘述,可参考如下教程:

下面总结下我在安装和运行中的几个报错及解决方案。

报错1:无论如何都连不上MySQL数据库

在我试运行过程中,无论怎样都连不上MySQL数据库,提示被拒绝连接。经一番搜索后,是MySQL数据库存在空用户,而当用用户名和密码去连接时会默认先匹配空用户,所以一直拒绝连接。 解决方案:直接删掉空用户drop user ''@localhost;

报错2:Specified key was too long; max key length is 1000 bytes

解决方案:将./schema/cdna_alignment_mysqlschema中的

174   gene_id varchar(1000) default NULL,

改为

174   gene_id varchar(200) default NULL,

报错3:gmap比对过程中提示没有--intronlength参数

解决方案:一般是gmap版本较老,安装新版本gmap(2016-05版本及以上)。

参考: