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分类:生信工具

16篇文章

生信工具

SV工具包SURVIVOR的使用

SURVIVOR是一套用于模拟/评估SV、合并和比较样本内及样本间SV的工具集,其还可对SV进行重新格式化及进行统计总结,其他详细信息也可参考工具的wiki。安装gitclonehttps://git

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2020-04-09
生信工具

SV VCF格式的说明及转换

不同的结构变异(structuralvariation,SV)鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同,但也不是完全没有规律可循,主要的格式就有两种,分别是:BNDnotation:BND表示法,即

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2020-04-09
生信工具

基于short reads的结构变异鉴定工具的综合评价

本文的部分内容来源于“Comprehensiveevaluationandcharacterisationofshortreadgeneral-purposestructuralvariantcall

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2020-03-15
生信工具

为直方图和密度图添加文本标签

平时在阅读文献时经常会看到一些加标签的图,比如下面这张:那如何来方便地绘制呢?下面就介绍下如何使用R包ggpubr来绘制带有文本标签的直方图和密度图。下面将使用ggpubr包中的gene_citati

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2020-02-12
生信工具

ggplot2一页多图排版的简便方法

要想在同一页面上排列多个ggplot2图形,基本的R函数par()和layout()是无效的。解决方案之一是使用 gridExtra包中的一些函数来排版多个图形:grid.arrange(),arra

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2020-02-11
生信工具

更改ggplot2绘图参数的简便方法

本文将介绍如何使用ggpubr包中的ggpar()函数简单轻松地更改ggplot2绘图参数。ggpar()可以更改的图形参数包括:主标题、轴标签和图例标题图例位置和外观颜色坐标轴范围坐标轴的转换:lo

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2020-02-10
生信工具

使用facet()对ggplots图形进行分面

ggpubr包中的facet()函数可以绘制一个或两个变量分组数据集的分面图形。下面将介绍如何按一个或多个变量拆分数据,以及如何可视化数据的子集。基本图形绘制加载数据library(ggpubr)df

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2020-02-09
生信工具

ggpubr:快速绘制用于发表的图形

ggplot2(HadleyWickham开发)是目前R语言数据可视化的主流。与R的基础绘图系统相比,基于grid绘图系统的ggplot2已经在语法理解性上已经进步很多,但是通过ggplot2绘制用于

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2020-02-06
生信工具

RIdeogram:染色体数据可视化的R包

已有的工具如circos,只能绘制弯的染色体,又如R包chromoMap,IdeoViz,karyploteR,ggbio和在线工具Idiographica,虽然能绘制直的染色体,但仅支持人,小鼠,大

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2020-02-04
生信工具

TE 注释工具EDTA的安装及使用

EDTA(ExtensivedenovoTEAnnotator)是一个可以从头注释全基因组中的TE并且评估已有TE库注释优劣的工具包。该工具的主要步骤是过滤掉原始TE中注释错误的,从而注释出全基因组中

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2019-12-08
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