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分类:生信工具

16篇文章

生信工具

基因结构注释软件PASA安装踩坑记录

PASA简介PASA(ProgramtoAssembleSplicedAlignments)是一个真核基因组注释工具,其能够利用转录本序列的剪接比对自动生成基因结构注释,并尽量保持与实验数据的一致性。

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2019-07-16
生信工具

基因组比对工具NGMLR和结构变异识别工具Sniffles

前言基因组结构变异是很多癌症、遗传病等疾病的重要诱因。目前基于二代测序技术检测基因组结构变异存在很大的局限性,而三代测序存在错误率较高等多种问题,尤其针对复杂结构变异大多软件识别能力较差。针对这一问题

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2019-06-06
生信工具

使用aspera下载fastq和sra数据

SRA数据库:SequenceReadArchive:隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation),它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元

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2019-05-21
生信工具

同源染色体片段检测工具ColinearScan的使用

确定染色体同源片段是基因组学研究的一个重要方面,有助于揭示基因组在历史上发生的多种多样的进化事件,如DNA复制、染色体重排、基因丢失等。研究发现,谷物之间、哺乳动物之间、分属不同种的酵母之间都存在大规

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2019-01-17
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ggplot2高效实用指南

写在前面ggplot2是一个功能强大且灵活的R包,由HadleyWickham编写,其用于生成优雅的图形。ggplot2中的gg表示图形语法(GrammarofGraphics),这是一个通过使用“语

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2018-08-13
生信工具

本地BLAST+详细使用方法

序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一,常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考,而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。1989年,美国国家生物技术信息中心(NCBI)首次推出BLA

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2018-08-12
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