组学工具合集

组学工具合集

整理了一些目前知道的与组学相关的工具,可能不全面,欢迎补充

基因组学

一代组装

二代组装

泛基因组分析

三代contig组装

GFA相关

GFA是目前组装比较认可的格式

三代组装polish

去除冗余序列

辅助组装

使用遗传图谱,光学图谱,Hi-C和物种间共线性对contig进行scaffold的工具

HiC

光学图谱

遗传图谱

整合工具

组装质量评估

重复序列注释

基因注释

从头预测

注释流程

WGD分析

基因组进化

同源分析

全基因组比对软件

共线性分析

共线性可视化

群体结构

结构变异

二代数据

三代数据

综合性工具

基因组可视化

系统进化

多序列比对

多序列比对可视化

进化模型选择

进化树构建

进化树可视化

表观组学

可视化

转录组学

标准分析流程

可视化